Nach Abschluss des Studiums der Germanistik/ Komparatistik und seiner Schauspielausbildung führten den gebürtigen Innsbrucker Engagements als Schauspieler u.a. ans Tiroler Landestheater, das Schauspielhaus Salzburg, das Theater an der Effingerstrasse Bern, das Salzburger Landestheater, die Vereinigten Bühnen Bozen, das Innsbrucker Kellertheater, das Stadttheater Bruneck u. a. Seit 2010 arbeitet er als freier Regisseur und Schauspieler in Österreich, Italien und der Schweiz.

Seit 2004 ist er Porcia-Ensemblemitglied. Hier inszenierte er zuletzt "Charleys Tante" (2021) „Eine heikle Sache, die Seele“ (2019), „Halbe Wahrheiten" (2016), „Das Dschungelbuch" (2014) und „Wer hat Angst vorm bösen Wolf?" (2013) und stand in zahlreichen Rollen auf der Bühne.

2006 gründete er in Innsbruck Theater praesent, dessen Künstlerischer Leiter er bis 2013 war. Ab 2016 absolvierte das postgraduale Master-Studium Kulturmanagement an der Universität für Musik und Darstellende Kunst Wien.

Er war in mehreren TV- und Kinoproduktionen zu sehen (zuletzt u.a. bei Soko Kitzbühel, dem Salzburger Landkrimi,  in "Die Einsiedler" R: Ronny Trocker, "Michael" R: Markus Schleinzer, "März" R: Händl Klaus) und arbeitete als Sprecher für den ORF-Kultursender Ö1 und für Krimi-Hörbücher im Auftrag des Haymon Verlags.
Florian Eisner ist Autor zweier Kindertheaterstücke und der Theaterbearbeitung des Romans "Kaschmirgefühl". Außerdem arbeitet er als Songwriter, Gitarrist und Sänger der Band Bluespension und in anderen musikalischen Konstellationen. 2017 - 2019 tourte er als Musiker mit Bestsellerautor Bernhard Aichner durch Österreich und Deutschland. Seit 2019 Lehrauftrag an der Universität Mozarteum im Fach Schauspiel-Grundlagen für OpernsängerInnen. Der Vater zweier Töchter lebt mit seiner Familie in Salzburg. 

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